別件でConohaでも使っていますが、
EC-CUBE4.03で管理画面上から新規取得はエラーになることが
あるようなので、

オーナーズサイトから直接 登録サイト認証キーをコピーして
入力、数回エラー吐きましたがどうにか入りました。
そちらはいかがでしょうか？

番号を入力と記載ありましたので、
試していたらすいません。