はじめまして。
同事象が私のサイトでも発生しています。
（EC-CUBE：2.13.5です）

具体的には注文キャンセル時に使用予定ポイントが返却される時、
その処理が同時・連続で行われると不正に多くポイントが返却されてしまう、という事象です。

再現手順としては以下を確認しています。
注文時、ユーザーがクレジットカードを選択し、ポイントを使用する
（shopping/payment.php）
↓
その後クレジットカード決済画面まで進む
（shopping/load_payment_module.php まで）
↓
その画面でブラウザの戻るボタン、またはその他リンクを連打し、
画面推移処理を多重実行させる。
（返却処理は/data/class/helper/SC_Helper_Purchase.phpで行われている事を確認）
↓
注文がキャンセルになり使用予定ポイントが返却されている。
ただし多重実行分ロールバックされておりポイントが不正に増えてしまっている。

またこの事象はサーバーからのレスポンスが遅ければ遅いほど発生しやすい模様です。

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube2/issues/369
上記サイトにあった通りご認識はされているかとは思いますが、
こちら暫定対策や改修方法等、もしご存知であればご共有いただけると幸いですm(_ _m)