掲示板に過去に同じ質問もありましたが、
ちょうど触っているところなので返信差し上げます。
こちら現在、触っているのがバージョン4系なので参考までにどうぞ。

過去の2系と3系それぞれの案件で、業販(B2B）と一般のお客様で販売したく
見せ方を買えて在庫だけ合わせたいというのがあり、合わせて店舗POS連動しましたが、
DB側へのクエリが負荷が多すぎて、DBとSQLのチューニングしましたが限界でした。
POSだけ別に分けたり、色々試行錯誤しましたが、

結局、運用後に在庫数だけ、B2BのDBを主として同期させる事にしました。
このシステムはあれから結構経ちますが、問題なく運用しています。


ですので、私の拙い経験から注意点と問題点としては、
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1．必ずトランザクション対策確認する→ロック検知させる。
2. 管理画面ログインは環境やバージョンによってエラーになるので修正
3. 決済金額は配送など一般のお客と分ける場合に分岐が必要。
4. 在庫や一部のデータだけならDBの一部のデータを同期させるのが楽、
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で、しょうか。

他の方からも情報共有があるといいですね。