＞nanasessさん

ご回答ありがとうございます。

頂いた回答を踏まえたうえで、規格1から不要な企画を削除し（107個→55個）まで減らし、念のために不要な商品も削除し（212→160）して、ご教授頂いただいた
data/class/pages/admin/order/LC_Page_Admin_Order_Edit.php
data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php
の修正を当ててみました。

当ててからの動作はシステムエラーなどなく動いています。
何となくかもしれませんが、動作が早くなった気もします。

ただ、やはり規格メニューからの在庫入力保存処理（テストなので変更せずにそのまま保存）を行ったところ、確認画面から「保存を行う」からの処理で長くかかり、タイムアウトを起こしてシステムエラーが出ました。

念のためにPCの再起動もかけて再度確認しましたが、状況変わらず。

保存ボタンを押す前に在庫数を変更してみたのですが、
エラー後確認したところその変更は反映していませんでした。


なお現時点のさくらのphp.iniは
max_input_vars = 5000000
memory_limit = 128M
post_max_size = 120M
max_execution_time = 1000
としています。

※アドバイス頂いたPHPのモジュールモード変更ですが
　ほかのサイトも入っているのですぐには対応が難しい内容のため、
　今回は行っておりません。

以下、ECcubeのエラーログに出た内容を転載します。


↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓
※規格1×規格2の組み合わせ1個を保存した時のエラー

/shop/admin/products/product_class.php


Fatal error(E_USER_ERROR): DB処理でエラーが発生しました。
SQL: [PREPARE mdb2_statement_mysql_151009eee17ba12a4079085612d790c097bdaf4bdf FROM 'DELETE FROM dtb_products_class WHERE product_class_id = ?']
PlaceHolder: [array (
0 => '8600199',
)]
MDB2 Error: unknown error
_doQuery: [Error message: Could not execute statement]
[Last executed query: EXECUTE mdb2_statement_mysql_151009eee17ba12a4079085612d790c097bdaf4bdf USING @0]
[Native code: 1205]
[Native message: Lock wait timeout exceeded; try restarting transaction]
on [/home/●/www/▲/shop/data/class/SC_Query.php(1008)] from ***.***.***
login_id = ●(0)[77fcc0a54452bafc63a717724b34f535]
/home/●/www/▲/shop/admin/products/product_class.php(34): LC_Page_Admin_Products_ProductClass_Ex->process
/home/●/www/▲/shop/data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass_Ex.php(56): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->process
/home/●/www/▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(63): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->action
/home/●/www/▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(148): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->registerProductClass
/home/●/www/▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(292): SC_Query->delete
/home/●/www/▲/shop/data/class/SC_Query.php(746): SC_Query->query
/home/●/www/▲/shop/data/class/SC_Query.php(814): SC_Query->execute
/home/●/www/▲/shop/data/class/SC_Query.php(971): SC_Query->error
/home/●/www/▲/shop/data/class/SC_Query.php(1008): trigger_error




↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓↓
※規格1×規格2の組み合わせ2個を保存しようとしたときのエラー

/shop/admin/products/product_class.php



Fatal error(E_USER_ERROR): DB処理でエラーが発生しました。
SQL: [PREPARE mdb2_statement_mysql_15ab029d22af1522c88ccd52f073dd0e899cdeef09 FROM 'UPDATE dtb_products_class SET classcategory_id1= ?, classcategory_id2= ?, product_code= ?, stock= ?, price01= ?, product_type_id= ?, down_filename= ?, down_realfilename= ?, product_id= ?, sale_limit= ?, deliv_fee= ?, point_rate= ?, stock_unlimited= ?, price02= ?, creator_id= ?, update_date= CURRENT_TIMESTAMP, del_flg= ?, create_date= CURRENT_TIMESTAMP WHERE product_class_id = ?']
PlaceHolder: [array (
0 => '3',
1 => '13',
2 => '10835',
3 => '99',
4 => '24000',
5 => '1',
6 => '',
7 => '',
8 => '718',
9 => NULL,
10 => NULL,
11 => '0',
12 => 0,
13 => '24000',
14 => '2',
15 => 0,
16 => '8386994',
)]
MDB2 Error: unknown error
_doQuery: [Error message: Could not execute statement]
[Last executed query: EXECUTE mdb2_statement_mysql_15ab029d22af1522c88ccd52f073dd0e899cdeef09 USING @0, @1, @2, @3, @4, @5, @6, @7, @8, @9, @10, @11, @12, @13, @14, @15, @16]
[Native code: 1205]
[Native message: Lock wait timeout exceeded; try restarting transaction]
on [/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/SC_Query.php(1008)] from ***.***.***
login_id = ●●●(0)[77fcc0a54452bafc63a717724b34f535]
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/admin/products/product_class.php(34): LC_Page_Admin_Products_ProductClass_Ex->process
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class_extends/page_extends/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass_Ex.php(56): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->process
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(63): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->action
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(148): LC_Page_Admin_Products_ProductClass->registerProductClass
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/pages/admin/products/LC_Page_Admin_Products_ProductClass.php(289): SC_Query->update
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/SC_Query.php(589): SC_Query->query
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/SC_Query.php(814): SC_Query->execute
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/SC_Query.php(971): SC_Query->error
/home/●●●/www/▲▲▲/shop/data/class/SC_Query.php(1008): trigger_error