IEでは他のブラウザと違う挙動をすることが多々あります。
まず、確認ですが
>[カスタマイズの有無]　某社　２カラムデザインテンプレート使用中。
上記テンプレートではIEの動作確認について明記されてますか？
ストアで確認できるかと思います。

よくある症状としては、cssでのcalcやflex周りの動作に差があります。
できれば実際のページを確認したいところです。