導入されているプラグインのいずれかに、プラグインとしては本来不要であるMacのAppleDouble Header fileと呼ばれるファイルを混入させたまま配布されてしまったプラグインがあるのでしょう。
例えば、 test.php という本来のファイルがあれば、それに対応する ._test.php という、先頭に ._ が付加された同名のファイルが見つかると思いますが、それが対象のファイルです。

このファイルは .php という拡張子が付いていますが、中身はMac独自のバイナリファイルであり、PHPが解釈できるファイルではありません。
Mac以外の環境でもこれらのファイルが存在するだけならとくに問題ありませんが、多くのフレームワークに備わっているオートロード機能が .php という拡張子の付いているそれらのファイルも読み込もうとしてしまうため、ゴミメッセージが表示されてしまうといった不具合に繋がります。

解決方法ですが、プラグインディレクトリ(app/Plugin)以下を調べて ._ から始まるファイルを全て削除したあと、eccubeのキャッシュ削除を行なってください。