うまくいって良かったです。

最初のエラーで「failed to open stream: No such file or directory」と出ていたので、フォルダが見つからないというエラーです。

なので、削除した直後だとキャッシュが原因かなと思います。

２回目のエラーは
「"/インストールフォルダ/app/Customize/_Repository/TagIdSearchCustomizer.php" while importing services from resource "../../../app/Customize/*", but it was not found! Check the namespace prefix used with the resource.」
の辺から、namespaceがおかしいって感じなので、_Repositoryからリネームされただけが原因だと思います。

オートロードで自動でファイルが読み込まれてしまうので、リネームだけだとフォルダ名とnamespaceが違うので、上記エラーになってしまいます。

必要なくなったファイルは削除、もしくはプロジェクトフォルダ外へ移動させるのが良いと思います。

gitを使っていれば、削除したファイルも元に戻せるので、気にせず削除したりできますよー。