自分も同様の現象に遭遇しました。
APCu によりサーバー内の他のサイトがPHPでキャッシュされたものが影響している可能性がありますが、 APCu を無効化する方法は見つかりませんでした。
サーバー内のすべてのサイトにおいてデバッグモードを基本的にOFFにすることで解決できたのではないかと思います。
まだ様子見ですが。。

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