追記です。
開発環境（.env=dev）で、アップデートを実行すると、coro様と同じエラーメッセージが表示されました。

UndefinedFunctionException

Attempted to call function "trigger_deprecation" from namespace "Symfony\Bundle\MakerBundle\Maker".

先に挙げた通り、/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity 以下に生成されていたファイルが削除されており、再配置しても同様のエラーが表示されます。

ここで、本番環境（.env=prod）に変更した所、エラーは表示されず管理画面が表示されます。

アップデート処理中であれば、ホワイトアウトした直後からの画面が表示されます。（こちらで確認した際は、データベースの更新確認画面が表示）