>冗長化して運用している皆様はどのようにプラグインをインストールしているのでしょうか。

冗長化というのが、ロードバランサを導入しWEBサーバを2台用意している、という仮定でのご回答ですが、
管理画面へのアクセスは冗長化せずにバランシング先をどちらか1つのWEBサーバにアクセス固定する形ではいかがでしょうか。