Warning: array_combine(): Both parameters should have an equal number of elements

に関しては、こちらでも同じ現象が発生したことがあります。
次で解決できると思われますので、試してみてください。

app/Plugin/DataMigration4/Controller/Admin/ConfigController.php
　 array_combine で検索して次のように条件を追加する。

// 1行目をkeyとした配列を作る
if (count($key) == count($row)) {
$data = $this->convertNULL(array_combine($key, $row));
}
else {
continue;
}

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トエビス株式会社　田中 宏典
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