ここで投稿する内容ではなかったかもしれません。
自力でMySQLについて調べて、ある程度理解できました。
一度テスト環境で試してみようと思います。

しかし、EC-CUBEは特にプラグインの不具合が多すぎて、リスクが高すぎます。(このコミュニティを見ていると、私だけでなく、他の方も苦労されているようです。)
アップデートで不具合が出た時に、最悪の場合でもアップデート前に戻る機能を付けて欲しいです。今の状態では怖すぎます。