なるほど、既存テーブルの場合なかなか良いサンプルが見つかりませんね・・・
Traitでのアノテーションをいろいろと試してみましたが、エラーになってしまいました。

以下の記事がもしかすると近いことをしているのかな、とは思ったのですが、知識不足でいまいち良くわからなかったのと
おそらくプラグインを前提とした場合にはインデックスの追加だけではなく削除も考えないといけないでしょうし、非常に悩ましいところになりそうだなと思いました。。
https://alexkunin.medium.com/doctrine-symfony-adding-indexes-to-fields-defined-in-traits-a8e480af66b2


推奨されるやり方ではないのかもしれませんが、現状考えられる打開策としては、
PluginManager.phpのenable/disableのファンクションに
直接SQLで「ALTER TABLE ～」を発行するような方法になってくるのかな、と思っております。