FreeStyleWikiなんかは設定ファイルで****/index.phpのindex.phpの部分を変更（指定）できるようになっていますね。
当然、設定ファイルでhogehoge.phpとしたらファイルもhogehoge.phpに名前を変えて、必要だったらDirectoryIndexにも追加する必要がありますけど。
そういう変更の仕方もありかなぁと思います。

index.phpで固定されるのは嫌かな。


個人的には一見EC-CUBEで作られているのがわからないようなカスタマイズをしたいというところがあります。
/admin/でログイン画面というのも、どこか1箇所で変更できるといいかも。