早速試してみましたが、良いですね。

取り急ぎ気づいたのは
フロント側のheader.tplでTOPに戻るところ（左上のEC-CUBEロゴ）が抜けてるようでした。


処理内容についてですが
USE_FILENAME_DIR_INDEXなしではいけないでしょうか？
DIR_INDEX_FILEとDIR_INDEX_URLが同時に必要とされるのがLC_Page_Sitemap.phpのpreg_replaceしているところだけみたいですけど、これはpreg_quoteするのもDIR_INDEX_URLじゃダメですか？

SC_Initial.phpにDIR_INDEX_URLだけで
''だったら***/に
'index.php'だったら***/index.phpに　←　デフォルト
'hoge.html'だったら***/hoge.htmlに...　みたいな。

=追記=
あ、ごめんなさい。
モバイルが怪しいからってことですね（汗）。