弊社でも在庫数があるのに在庫無しで購入ができないエラーが同様に発生しました。

dtb_product_stockの数値を変更しても購入ができなかったため、
dtb_product_stockの数値を変更前に戻し、
EC-CUBE管理画面、商品一覧の規格管理から数回数値を変更して登録を押し直したら購入できるようになりました。
（例：　在庫 1 →0に変更して登録 →　1に変更して再度登録）

参考になれば幸いです。