こちらはEC-CUBEに対応した決済代行会社のプラグインを利用されているという理解でよろしかったでしょうか。


この場合、他に導入しているプラグインの影響または
カスタマイズを行われている、ということですので何かしら不具合があるのかなと推測されます。

決済に影響するようなカスタマイズが行われているか等のシステム上の確認と合わせてデバッグ調査を行われてたほうがよいかと存じます。