> 店舗設定→メール設定→テンプレート→会員本登録メール設定を変更していたところ、
> 「500 Internal Server Error」が出てしまいました。
> 復旧方法がわからず困っております。。。対処法ご存知の方ご教授いただけると助かります。

どんな風に変更したかは解りませんが、初期の会員本登録メールのテンプレートは下記の通りです。
初期の会員本登録メールに戻してもエラーがでてきますか？
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.2/src/Eccube/Resource/template/default/Mail/entry_complete.twig
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/4.2/src/Eccube/Resource/template/default/Mail/entry_confirm.html.twig


また、EC-CUBEのログは確認できますか？
どのようなエラーが出ますでしょうか？
var/log/prod/site-yyyy-mm-dd.log に「システムエラーが発生しました」といった行がありましたらご提示ください。