> upload_max_filesize 100M 100M
> memory_limit 1024M 1024M
> 改善するかと思い上記設定をphp.iniと.htaccessにより行いましたが、アップロード後特に何のメッセージも表示されません。

post_max_sizeもファイル送信には関係ありますが、修正されていますか？
また、十分な容量設定にしてありますか？

> スムーズに登録できる細分化の方法や登録方法ありますでしょうか。
> 商品データに関しては詳細不明なカスタマイズによりデータベースのカラムの数が通常と異なる違う可能性はあります。

スムーズに登録を行いたいのであれば、「詳細不明なカスタマイズによりデータベースのカラムの数が通常と異なる違う」がないかは調査した方がよいと思います。

EC-CUBE2系のデータベース定義書であれば、下記にあります。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube2/tree/master/docs/database-schema