いえいえ。
一つ問題が解決しただけでも、大変ありがたいです。

.htaccessが読み込まれていないので、
mobile.incに.htaccessの代わりにini_setなどで、
SJISとEUP-JPで変換するようにしたりしてみたのですが、
やはりそうそううまくいくものでも無いようです。

調べてみたところ最近の携帯は特にシフトJISに限定しなくとも
EUC-JPに対応しているものがほとんどなようなので、
携帯は買い換えサイクルも早いことを考えると、
EUC-JPで作ってもそれほど問題が無さそうです。
このままうまくいかないよりモバイルサイトも
全てEUC-JPにして動作確認をしてみるのも一つの手かと思い、
一度試してみようと思います。