ご確認頂きありがとうございます。

カスタマイズが必要とのことでファイルを確認したところ、
下記ファイルにプラグインのディレクトリも追記したら削除できるようになりました。
src/Eccube/Util/Cache.php

解決しましたので、こちらのスレッドは閉じさせていただきます。