> この"データ"は注文データに限らずCSVとして保存・出力されるのでしょうか。

注文データはデータベースに保存され、そのデータベースに保存されたデータを基に受注のCSVを出力することができます。


> しばしばプラグイン検索時にCSVというワードが出てきますが、
> 今一業務管理上のどこで機能するのか分かりません。

どこで機能するかは企業の運用の仕方によるので明確な回答はできませんが、ECCUBEと別システムの連携時に使用したりします。

> 最終的にCSVをこちらで任意に取得して、「一定期間の、特定の決済方法で購入された商品群の請求書」を作成したいと考えております。

請求書（納品書）は管理画面の受注詳細より発行できます。
受注csvを読み込ませて請求書を作成したいとなると、ECCUBE標準機能にはないので、カスタマイズが必要となります。