対処方法はいくつかあるのですけど、
DBを直接触るか管理画面から更新するかの2択あって

DBを直接操作することは可能ですか？

ちなみになんでこの問題が起こるのかというと、商品個別の税率は設定されたときの課税区分でdtb_tax_ruleに登録されているので、そこが更新されないのでこのような問題が起こるんですよね。