もしXアクセラレータがV2で設定されていればXサーバのコンパネで変更してみてください。

サイト内部に不具合があって発生している可能性もありますが、それ以外でしたら根本的な解決は難しい問題だと思います。
(サーバー番号やサーバー設定によって違うかもしれないので一概に言えません)
SSHが使えるならコマンドでプラグイン操作行うのも手です。

エックスサーバーでプラグイン有効化時/アップデート時にシステムエラーになる対策

EC-CUBE4系でのプラグインエラーの原因と予防対策

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