ご返信ありがとうございます。

新たに分かった事がありますのでまたご相談できればと思い投稿させていただきます。

（前提↓）
・「ココから選択」プラグインを使い、「3択のセット商品」が買える仕様にしてます
・商品購入制限を「5個まで」に設定してます

（↓仮説です）
①
お客様がログイン後に商品を3つ購入。
②
時間を空けてログアウト状態で商品を3つ購入。
③
「レジへ進む」でログインを促され、ログインする。
④
①と②が自動でマージされ、6個の同じセット商品がカートに入った状態となる。
⑤
お客さんは3個が欲しかったのでカート上で商品を削除しようとする。
しかし購入制限が「5個まで」となるため個数表示が「5」となっていて、2個分を削除したとする。
・元々は6個入った状態
・商品名の表示上は6個分
・でも制限かけてるために個数表示は5個
⑥
2個分の商品を削除する事で
・実際購入したのは3個、個数も3個
・メールの記載は商品名が4個分
⑦
つまり
・商品名等の表示は6個マイナス2個で4個
・個数表示は5個マイナス2個で3個

こういったズレが生じたのではないかという検証結果となりました。
ログイン前後でのカートのマージはEC CUBEのデフォルトの機能かと思いますが、こういった場合の例って今までにはなかったでしょうか？対策等があればご教示いただきたいです。