ステータス管理でポイント付与のタイミングを、発送完了後にするだけならhttp://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/17376で大丈夫だと思います。

ただこの改変だけだと受注管理から検索してステータスを編集した場合は適用されないと思いますのでhttp://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=1240&forum=2&post_id=6542のスレッドを最後まで追ってLC_Page_Admin_Order_Edit.phpも変更した方が良いと思います。

また、オペレーションミスか何かで一旦「発送済み」にしてしまった注文を、別のステータスを変えた時にポイントを引き直す処理もあった方が良いのではないでしょうか？

私の場合は
「とにかく発送済みにしたらポイント加算」
「ステータスが発送済みからそれ以外になったら減算」としています。

直すファイルは
LC_Page_Admin_Order_Edit.php
LC_Page_Admin_Order_Status.php
LC_Page_Shopping_Complete.php
の3つです