> ちなみに、ec-cube公式のgithubからクローンし、自身のリポジトリに移したあとに本番環境にデプロイして運用しているのですが、これはあまり関係ないでしょうか？

問題ない方法だと思いますが、エラーメッセージが出ていないため今いただいている情報だけでは原因の特定が難しいです。

ただ、他の環境にデプロイしたときにデータの不整合が発生する可能性はあるのかなと思います。（本体カスタマイズしていなければあまり関係ないですが）

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トエビス株式会社　田中 宏典
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