いまいち状況がよくわからないのですが、いま質問されているのはまた別の環境のEC-CUBEでのことですか？

一応、ちらっと見たところでコード的に、一覧
　data/Smarty/templates/default/admin/order/index.tpl
では直書きされたJavaScript
　fnOpenPdfSettingPage()

編集画面
　data/Smarty/templates/default/admin/order/edit.tpl
では
　win02()
を使って帳票の処理を呼び出しているみたいです。



追記：

IE6で確認したら、確かにダウンロードが始まらない状況なのを確認しました。
というか、編集画面に帳票のボタンがあるということ自体、気づいていませんでしたが（汗）。

で、先に書いたedit.tplにindex.tplのfnOpenPdfSettingPage()を追記して、win02()からfnOpenPdfSettingPage()を使うようにしてみたらダウンロードできるようになりました。

fnOpenPdfSettingPage()については↓

[17806]: #297 納品書PDF一括出力対応
http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/17806

正式版ではダウンロードに制限しているというのは↓

[17783]: #297 納品書PDF一括出力対応
http://svn.ec-cube.net/open_trac/changeset/17783#file3