define.phpは

『[root@localhost eccube]# find . -name "define.php"
　./html/define.php』

に有ります。

中身は後述の通りなので、「data」のパスが「not default」とのことなので、
現状の不整合な状態を「いづれかの方法」で整合のとれた状態にすれば、
正しく動作する様になると予想されます。

「いづれかの方法」
いずれかの方法1：FFFTPにて「正しく」全ファイルをuploadする。
　1)まずは、この状態でインストール画面が表示されるか確認する。
　2)ディレクトリ「data」を希望の場所へ移動したのであれば、
　　少なくともdefine.phpの「data」への相対パスを修正する。

いずれかの方法2：eccube-2.4.1.tar.gzをバイナリモードでアップロードしsshでログインし、
　「xxx# tar xvfz eccube-2.4.1.tar.gz」でファイルを展開する。
　1)まずは、この状態でインストール画面が表示されるか確認する。
　2)ディレクトリ「data」を希望の場所へ移動したのであれば、
　　少なくともdefine.phpの「data」への相対パスを修正する。

これ以上は、知識を持ち合わせていないので、、、
他の情報を、頼りにしてください。。。

『↓define.phpの中身
　<?php
　/** HTMLディレクトリからのDATAディレクトリの相対パス */
　define("HTML2DATA_DIR", "/../data/");

　/** DATA ディレクトリから HTML ディレクトリの相対パス */
　define("DATA_DIR2HTML", "/../html/");

　/*
　 * Local variables:
　 * coding: utf-8
　 * tab-width: 4
　 * c-basic-offset: 4
　 * c-hanging-comment-ender-p: nil
　 * End:
　 */
　?>　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　』