ramrunさん、ご回答ありがとうございます。
返事が遅くなり済みません。


> Parse error: syntax error（省略）が発生しているとのことですが、
> 正式版2.4.1のSC_DbConn.phpの67行目にSET NAMESの記述を追加したものと思います。
> それが誤字か脱字かは知りませんが、間違っているものと。

はい、実はあるサイトの記述を参考に、67行目に「$this->conn->query("SET NAMES utf8");　」
を入れました。これは、文字バケ対策として追記したものですが、記述が正しいのかもわからず記入していた次第です。
この記述は一旦外すことにします。


> define.phpが存在しない状態ではrequire_base.phpを読み込むことができません。
> その状態でSC_DbConn.phpのエラーになることもありえません。
> いまこのエラーにならないのであれば、define.phpはきちんと存在しています。

おっしゃる通りだと思います。パスをどこかで示さないといけないでしょうし、増してデフォルトではないディレクトリ構成なら、わかる訳がないですよね。
何度も確認したハズだったのですが、その時は見つけることができませんでした。
ただ、先程のアップロードでようやくdefine.phpを見つけることができました。
恐らく、zipの解凍ファイル内のdefine.phpを作業中に、誤って消していたのだと思います。


> .htaccessはwebサーバであるapacheの設定ファイルです。
> さくらでは.htaccessにphp_valueやphp_flagの記述があるとInternal Server Errorになります。
> EC-CUBEのプログラムがロードされるより先に読み込まれるファイルになりますので、
> Internal Server Errorがでなくなったときに自身で削除しているはずです。

これも再アップロードでようやく作成されました。
これまで何度も再アップロードして何度も確認したんですが、作成されず悩んでいたことが嘘のようです。
お騒がせして済みません。

ご対応ありがとうございました。