いま遭遇しているエラーについてではないのですが、前回、お試しで借りたときにインストールメモを取っていたので、違いがあるか比較してみてください。
SSHで操作してますが、同様のことをしているのであればエディタやFTPの操作で問題ありません。

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●さくらインターネット
・スタンダードプラン
・初期ドメインを使用（さくらの独自ドメインは、現EC-CUBEではSSLが利用できないっぽい）
・PHPはCGI
・/home/userid/www/php.iniがサブフォルダにも有効
・safe_mode off
・open_basedir novalue

詳細は
さくらインターネット オンラインマニュアル：共有SSLの設定
http://support.sakura.ad.jp/support/manual/rs/set_ssl_kyouyu.shtml

●さくらのコントロールパネルのドメインの設定
　userid.sakura.ne.jp★　マルチドメイン　/

1.設定をお選びください
　マルチドメインとして使用する（推奨）

2.マルチドメインの対象のフォルダをご指定ください
　指定フォルダ
　/home/userid/www/[変更できません]

3.共有SSLの利用を選んでください
　共有SSLを利用する

●SSHでログイン、カレントディレクトリが/home/useridであることを確認
　%pwd
　/home/userid

●正式版を取得
　%wget http://downloads.ec-cube.net/src/eccube-2.4.1.tar.gz

●解凍
　%tar zxvfp eccube-2.4.1.tar.gz

●配置
　%mv eccube-2.4.1/data .
　%mv eccube-2.4.1/html/* www
　%rm -rf eccube-2.4.1

↓の状態
　/home/userid/data
　/home/userid/www

●EC-CUBEに同梱されている.htaccess削除
　%find www -name ".htaccess" -exec rm {} \;

●mobile用php.ini作成
　%cd www/mobile
　%jvim -k t php.ini

↓ファイルの中身（全角スペースでインデントしているのでコピペ注意）
　mbstring.language=Japanese
　output_handler=null
　mbstring.encoding_translation=Off
　magic_quotes_gpc=Off
　mbstring.internal_encoding=UTF-8
　variables_order=EGPS
　session.auto_start=Off
　session.use_trans_sid=On

※jvimエディタの使い方を知らない場合は他のエディタやFTP経由でphp.iniを用意

●mobile以下のサブフォルダにphp.iniをコピー
　%find . -type d -name "??*" -exec cp -R php.ini {} \;

●MySQLのDBの文字コード変更
　%mysql -h mysql???.db.sakura.ne.jp -u userid -p
　mysql> use userid
　mysql> status
　Server characterset: ujis
　Db characterset: ujis
　Client characterset: ujis
　Conn. characterset: ujis

　mysql> ALTER DATABASE userid CHARACTER SET utf8;

　mysql> status
　Server characterset: ujis
　Db characterset: utf8
　Client characterset: ujis
　Conn. characterset: ujis

　mysql> quit

●クライアント〜MySQLの接続キャラクタセットについて
　%cd /home/userid/data/class
　%jvim -k t SC_DbConn.php

↓ファイルの中身
　$this->conn = $objDbConn;
　// ↓追加↓
　if (!PEAR::isError($this->conn)) {
　 if (function_exists('mysql_set_charset')) {
　 mysql_set_charset('utf8'); // >=PHP 5.2.3
　 } else {
　 $this->conn->query('SET NAMES utf8');
　 }
　}
　// ↑追加↑
　$this->error_mail_to = DB_ERROR_MAIL_TO;

●SSHからの操作を終了
　%exit

●さくらのコントロールパネルでphp.iniを設定
php.ini
　mbstring.language=Japanese
　output_handler=mb_output_handler
　mbstring.encoding_translation=On
　magic_quotes_gpc=Off
　mbstring.internal_encoding=UTF-8
　upload_max_filesize=5M

●ブラウザからアクセスし、インストールへ
　http://userid.sakura.ne.jp/
　https://userid.sakura.ne.jp/