自己レスです。

その後、この件についてWEB ARENAへ問い合わせをしたのですが、
以下のような回答でした。


> 誠に申し訳ございませんが、弊社ではお書き添えいただきましたとおり、
> マルチドメイン環境下でのEC-CUBE2の動作は保証しておりません。
>
> また、EC-CUBEの動作のすべてを弊社では把握していない為、回避方法に
> ついて明示的にご案内できる情報がございません。
>
> せっかくお問い合わせをいただきながらお力になれず、誠に申し訳ござい
> ませんが、上記何卒ご理解いただきますよう、お願い申し上げます。



つまり
Web Arena Suite Xではマルチドメイン、ＤＢ３つまで作成かのうですが、
EC CUBEについては基本的にはひとつしか入れられなさそうでした。


WebArena上の「マニュアル」での記載
引用：