カテゴリーブロックを編集しようとして、Smarty/templates/default/以下を編集してアップしたのですが、反映されませんでした。
（具体的には登録商品件数を消す作業）

管理画面の「テンプレート設定」の関連付けも間違っていません。

Smarty/templates/よりも優先されるファイルが存在するのでしょうか？
もしそうした場合、Smarty/templates/へ戻すためにどの部分を変更すればよいでしょうか？

ちなみに、あまり関係ないと思うのですが、当方のサイトの場合、EC-CUBEをxxx.com/shopに置き、dataフォルダもdata/shop以下に置いております（例 data/shop/Smarty/）。
チェックすべき点がありましたらご指摘下さい。

なお、動作環境は以下のとおりです。

EC-CUBE 2.4.3
OS Linux dc5.etius.jp 2.6.18-164.6.1.el5 #1 SMP Tue Nov 3 16:12:36 EST 2009 x86_64
DBサーバ MySQL 5.1.36-community-log
WEBサーバ Apache
PHP 5.1.6
GD Loaded