金額で振り分けるという概念ではないと思いますよ。

金額設定はあくまでも、代引きなど決済方式による取引金額制限の都合によるものだと思います。
（例えば代金引換なら40万とか50万までが上限ですし、手数料の都合上、下限も設定したい場合があるでしょう。携帯決済ですと数万が上限です。）

配送設定との絡みは、完全に代引きを想定しているかと。
（ゆうパックはいくらまで、ヤマトコレクトはいくらまで、そういう設定を想定しているかと）

支払い方法は基本、サイト内で統一であるという考えになるかと思います。

商品によって選択出来る配送方法を固定するようなカスタマイズは結構ありますが、一般的では無く、サイト毎の事情に基づくものですね。(例えばダウンロード商品と、配送商品をミックスして扱うなど）

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