seasoft様

お返事ありがとうございます。
問題が解決いたしました。

実はseasoft様の作られた商品送料・送料カスタマイズを行っていたのですが、こちらのコメントを見てイプシロンの決済モジュールを確認してみると原因がわかりました。
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?viewmode=thread&topic_id=3753&forum=14&post_id=17922#forumpost17922

モジュール内にSC_Helper_DB_ExではなくSC_Helper_DBから呼び出しているところが4箇所あり、変更するとうまくいきました。
金額に規則制がなかったのが少し不思議なのですが…。
（送料分が少ないのではなく、合計金額の10〜20%程引かれた金額になっていました。）

しっかりとスレッドを確認しておらず、お手数をおかけして申し訳ありませんでした。
テスト環境にて再度確認してみようと思います。
ありがとうございました。