私も苦手なのですが、「ポップアップ」系は、jQueryとAjaxの対応が次回Verくらいにあったと思いますが、それで全てモーダルダイアログみたいに裏さわれなくなるのなら、気にしなくてもよいかもしれません。

また基本的には、親から子への画面アクセスはできないと思いますが・・・無理やり閉じるなら、一度開いて閉じる。ってやれば閉じるだけならできたと思います。画面ちらつくと思うので、微妙ですけどね。

WIN = window.open();
WIN.close();