現状のEC-CUBEの管理方法で
引用：
を未カスタマイズで管理するのは難しいかと思われます。

しかしカスタマイズすれば、可能だとは思います。
規格の分類がカラーとサイズであるのであれば、どのような商品なのかはわかりませんが、一定の規則があるのではないでしょうか？

・商品タイプにより、指定できるカラーやサイズが決まっているとか？あんまりないとは思いますが、1つの商品に対し9000パターンの値段が存在するわけではないと思いますが・・・

条件が決まっているのであれば、わざわざ規格で管理せずともカラーとサイズの別テーブルを作り、外部結合でくっつけてあげればいいだけです。
値段にしても条件が決まっているのであれば、EC-CUBEの機能ではなく計算によって導き出せばよいだけです。

また、
１４００商品×カラー約３００×サイズ約３０＝約１２６０万
の商品を登録し、これを毎回SELECTして重たくないようにする、なんてのはEC-CUBEでなくともなかなか厳しいことです。
EC-CUBEどうこうではなく、どうすれば現実的な管理ができるか？を今一度考えるべきかと思います。