ご返信ありがとうございます。

＞アップロードしたファイルのダウンロード名を設定する際に拡張子を含め忘れていませんか？
Macを使用しており、ファイルを選択した際、パス＋ファイル名はそのまま表示されていました。
そして、サーバーのDownloadフォルダ内にもファイル名.拡張子としてありました。

実際そのファイルをMacへDLして解凍するとちゃんと解凍れました。
zipもmp3もダメでした。

なので、ダウンロード時に問題があるのかな、と思いました。
現時点ではβ版設置後、ソースは触っていない状態です。