その後の検証の結果、

引用：

移行後にパスワードを変更した際には、salt値が入力されHMAC方式のハッシュに更新されるはずですので、暗号化強化の実装も生きるかと思います。

管理者の方は、この挙動になるので問題なかったです。
ただ、会員の方で、パスワードと秘密の質問で共通にsaltが使われている関係上、上記の想定通りにならず、さらに調整が必要そうです。