robots.txt の問題ではないかもしれません。。。

検索エンジンに登録されない理由はおそらく EC-CUBE外 にある可能性が高いので、他を調べたほうが良いかも？

本やWebを調べると情報がけっこう出てくると思うので、1つ1つ確認をしていくと良いと思います。

それから、登録されるまでの時間は一定じゃないので、気長に待ってみるのも。