EC-CUBE 3.0.18 で、決済にこちらのプラグインを使用しています。

１．イプシロン決済モジュール(3.0系)
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1081

その後、こちらのプラグインを追加でインストールしました。
２．EC-CUBEペイメントPlus決済プラグイン(3.0系)
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=2208

２．のほうはインストールするだけで無効（停止中）にして、１．の利用を続けていました。
しかし、以下２ファイルが共通で、競合していることが分かりました。
[ECCUBE]/html/epsilon_recv.php
[ECCUBE]/html/epsilon_pay_complete.php

この状態では、正常に動作しなくなる恐れがあるようです。

２．のプラグインを削除すると、上記２ファイルも削除され、
コンビニ決済で、イプシロン側で課金済みになっても（店舗で支払われても）、
EC-CUBE側で受信エラーが発生して「入金済み」にならない、という不具合が発生します。。

以下２ファイルを手動で html/ にコピーする、という対策方法をイプシロン社からご教授いただき、解消しました。
[ECCUBE]/app/Plugin/GmoEpsilon/Resource/assets/epsilon_recv.php
[ECCUBE]/app/Plugin/GmoEpsilon/Resource/assets/epsilon_pay_complete.php

何かのお役に立てれば幸いです。

以上、ご報告まで。