注文受付メールについて、下記のようなことができればと考えています。

購入した後に会員に返信される内容として、「注文受付メール」の内容が返信されます。

それで、行いたいこととして、支払い方法別に、注文受付メール内容を変更したいと思っています。
たとえば、購入時に、支払い方法として、銀行振り込みを選択した場合、デフォルトの注文受付メールが適用されるのではなく、銀行振り込み専用のメールで返信できればというものです。

メールのテンプレートの増やし方については、下記を参考にさせていただきました。
http://canawell.net/index.php/8/

結果、上記作業を行い、EC-CUBEの管理画面内にある[基本情報管理]−[メール設定]で、追加したテンプレートが表示されましたので、必要箇所に情報を登録し保存しました。

＜新しく登録したメールテンプレート＞
・注文受付メール[銀行振り込み用]
・注文受付メール[代金引換用]
・注文受付メール[郵便振替用]

次に、ショップ側で商品購入テストを行い銀行振り込みを選択し購入を終わらせ返信されるメールを確認したのですが、デフォルトで用意されている「注文受付メール」の内容でメールが届きます。

やりながら疑問には感じていたのですが、購入時に銀行振込みを選択したとき、新しく作成した注文受付メール[銀行振り込み用]をどうやって認識するのか？と思っていたのですが、新しいメールテンプレートを適用させる方法はEC-CUBEの管理画面上で行えるんでしょうか？

環境は下記のようになっています。

・EC-CUBE2.11.1
・Apache2
・PHP5.3.3
・MYSQL5.1.22

よろしくお願いします。

管理画面上からはできないと思います。

カスタマイズするとしたら、data/class/helper/SC_Helper_Purchase.php の sendOrderMail() あたりが中心になりそうです。
$mailHelper->sfSendOrderMail の第２引数が $template_id なので、そこで支払い方法によって処理を分岐させると良いかと。
支払方法は、$objPurchase->sendOrderMail をコールする際に、引数としてもたせると良さそうです。

ありがとうございました。
運用面でカバーできないか検討してみます。