ご注文手続き画面で表示される「お支払方法」の並び順ですが、
管理画面内の「支払方法一覧」画面で設定されている並び順が有効になる仕様だったかと思います。

ただ、設定している支払方法で利用条件で金額の下限、上限を設定している場合は、カートに入っている商品の金額に応じて選択できる支払方法が動的に出し分けされます。