引用：

普通のレンタルサーバーはたぶん、rpmなどのパッケージからMySQLをインストールしているのだと思います。
そうするとMySQLの文字コードがlatin1になっていて、それをmy.cnfでujisとかにしてあるんだと思います。

MySQL4.1以降がEC-CUBEの使用条件になりますが、4.1以降では4つの文字コード指定があります



my.cnfがサーバー、クライアント共にujisに設定してあればSTATUSで確認した際に上記のようになるのですが、それはクライアントがmysqlの時の話です。

EC-CUBEが接続をかけた際にEC-CUBEがクライアントになるわけですが、EC-CUBE側では文字コードの指定をかけていないため



になってしまうのだと思います。
それを回避するにはmy.cnfに



と記述します。
skip-character-set-client-handshakeというのはサーバーの文字コードをクライアントの文字コードとする設定です。

私は同じMySQLサーバーでutf8（OpenPNE）も使用したいためこれみたいなことをしています。

ECサイトを作るなら、せめて自由度があるVPSサーバーにしないといけないかなぁと思ってます。