> GMOに確認する限りでは利用中のバージョンでも問題がない返答がありましたが、GMO側から正式な回答があるまでは何もできないのでしょうか。

ryamaさんがエンジニアであるのであれば、該当のプラグインの調査・解析を行った上で改修などのカスタマイズを行えばいいのではないでしょうか。
エンジニアではないのであれば、EC-CUBEインテグレートパートナーなどに相談して調査・解析・改修などを依頼すれば良いのではないでしょうか。

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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