今自分の環境でのファイルなどを確認したところ
参考スレッドに記載されていました下記記述部分は
<a href="<!--{$smarty.const.SITE_URL}-->になって
いました。ですので、このあたりはこれで大丈夫ということに
なるのかなと思っていますが・・・。

そもそも、カートから購入手続きへ意向したときに「保護されているページと保護されていないページがある」とダイアログがでるのはおかしいことですよね？
このあとのページへ進むたび、全てログがでてきますので何とか
直したいと思っています。
すみませんが、これの解決策はどのようにすると良いのでしょうか？
data/install.phpのセキュアの部分はhttpsで設定しております。

どうぞ宜しくお願い致します。