特定の会社を指してどうこうというのは差し控えますが
安価なタイプの共用サーバは、それなりであることは言うまでも無いかと思います。各社色々なサービスプランがあり、最終的には上位プランとして専用サーバが大抵はあると思いますし一概に言えないです。

オフィシャルホスティングパートナーかどうかも、また次元が異なるかと思います。

また汎用の共用サーバは運の要素もあります。同じサーバに負荷が高いサービスを運用しているサイトが入っているとダメだったりする場合もあるわけで、ここらへんが安い共用サーバの限界かと思います。負荷が上がったら、きちんとバランスされるように制御・設定しているサーバももちろんあるでしょう。

一方で共用サーバが必ずしも悪いわけではない事にも注意が必要かと思います。
例えば株式会社ロックオンの公式サービスであるEC-CUBE one!というサービスも共用サーバ型プランがあり、自分は使ったことは無いですが「重い」ということはたぶん無いでしょう。
同じように私の会社のEC-CUBE共用サーバでも重くなるような運用はしていないですし、他の公式インテグレートパートナーの多くもそうしているかと思います（専用サーバ向けだけのパートナーも多そうですが・・・）。

理想論的には専用サーバですが、共用でもきちんとした設定、きちんとした運用を行えば、十分なパフォーマンスが得られると思います。
ここらは予算・技量・担当者の時間など様々な面が判断材料にあがるでしょうし、サイト毎や会社、さらには担当者との相性や経験等によっても最適なサーバは大きく変わるとは思います。

----------------
EC-CUBE公式エヴァンジェリスト
EC-CUBEインテグレートパートナー (株)スピリット・オブ
移転・拡張・高速化・問題解決
各種カスタマイズ・支援依頼承ります。
[url=h