うろ覚えですが、EC-CUBE のポイントは、税抜き金額での付与だったような。もしかしたら、(明細行計ではなく)商品単価での計算だったかもしれません。その辺りではないですかね?

あとは、カスタマイズが関与しているか、カスタマイズしていない状態で検証しておくと良いかと思います。

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Seasoft
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