ウインドウが開いている時点でJavascriptが無効ということはないと思うので、あとは、開いたウインドウ側から親ウインドウへの値の受け渡しがうまくいってないのでは？と思います。

onclick="fnCallAddress('/(アドレス)/input_zip.php', 'zip01', 'zip02', 'pref', 'addr01');

で、引数の最初が検索を行うphpプログラム、zip01が郵便番号最初の3桁、zip02が郵便番号最後の4桁、prefとaddr01はそれぞれ、値を渡すinputの名前ですが、この辺りに不備はないでしょうか？

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/*　Ryo from KANSAI　*/
まいどっ！