＞と、なってしまいます。ページを更新するとその後は問題なくカートに商品が入るようになります。

これはカート画面で、再読込をするとカートに商品が入っている状態が表示されると言うことでしょうか？
また何かカスタマイズなどしていますか？

標準の仕組み的には、
商品画面でカート投入ボタン→商品画面内の仕組みでカートに追加→商品画面はカートに追加後、カゴの中ページに移動指示→カゴの中ページの読み込み（カート内商品確認）
という順なので、システム流れ的には生じないはずなのですが、DB内のデータの反映遅れなども考えられるため再現度なども知りたいところです。

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